Erzincan Binali Yıldırım Üniversitesi Sağlık Bilimleri Fakültesi, Sağlık Bakanlığı ile Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı arasında imzalanan 22/11/1996 tarihli işbirliği protokolü ile 2 Kasım 1996 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan 10 Ekim 1996 tarih 96/8655 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Atatürk Üniversitesi’ne bağlı Erzincan Sağlık Yüksekokulu olarak kurulmuştur. Kuruluşunda öncelikle açılan bölümler Hemşirelik ve Ebelik Bölümleri olup, Beslenme ve Diyetetik Bölümü 2005 yılında kurulmuştur. Hemşirelik Bölümü’ne ilk öğrenciler 1999-2000 eğitim-öğretim yılında alınmıştır. Atatürk Üniversitesi Erzincan Sağlık Yüksekokulu, 01/03/2006 tarihinde kabul edilen 5467 sayılı kanunla kurulan Erzincan Üniversitesi bünyesine Sağlık Yüksekokulu olarak devredilmiş; 2004 yılı Temmuz ayına kadar geçici olarak bir prefabrik binada eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdüren Sağlık Yüksekokulu, 2005-2012 yılları arasında yeni hizmet binasında; 2012-2013 eğitim öğretim yılında üniversitenin yeniden yapılanması dolayısıyla geçici hizmet binasında faaliyetlerini sürdürmüş; 2013-2014 eğitim öğretim yılından itibaren de nihai hizmet binasında faaliyetini sürdürmektedir. Beslenme ve Diyetetik Bölümü 2014-2015 eğitim öğretim yılında faaliyetlerine başlamıştır. Bakanlar Kurulunun 03.08.2016 tarih ve 29790 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan 2016/8969 sayılı kararı ile Sağlık Yüksekokulu kapatılmış ve Sağlık Bilimleri Fakültesi kurulmuştur.
Fakültede Çocuk Gelişimi Bölümü 2017 ve Acil Yardım ve Afet Yönetimi Bölümü 2020 yılında kurulmuş olup; Ebelik, Çocuk Gelişimi ve Acil Yardım ve Afet Yönetimi Bölümleri aktif değildir.
Hemşirelik Bölümü, HEPDAK (Hemşirelik Eğitim Programları Değerlendirme ve Akreditasyon Derneği) tarafından 07/04/2023 tarihi itibariyle 2 yıllığına akredite olmaya hak kazandı.
